《通知》指出，全國水污染防治形勢面臨新的變化，部分地區(qū)氮磷污染上升為水污染防治的主要問題，成為影響流域水質(zhì)改善的突出瓶頸。氮磷污染來源較多，固定污染源仍是重要來源，在一些地方還是主要來源。各地要以重點行業(yè)企業(yè)、污水集中處理設(shè)施、規(guī)?；笄蒺B(yǎng)殖場氮磷達標排放整治為突破口，強化固定污染源氮磷污染防治；重點流域要以實施排污許可制為契機和抓手，嚴格控制并逐步削減重點行業(yè)氮磷排放總量，推動流域水質(zhì)改善。到2019年底前，基本完成氮磷排放重點行業(yè)企業(yè)超標整治工作。
《通知》明確，將肥料制造、污水集中處理、規(guī)模化畜禽養(yǎng)殖等18個行業(yè)作為氮磷污染防治的重點行業(yè)，要求全面推進氮磷達標排放。地方各級環(huán)境保護主管部門應(yīng)依托排污許可證核發(fā)管理逐行業(yè)掌握氮磷排放重點行業(yè)企業(yè)信息，督促重點行業(yè)企業(yè)建立氮磷排放管理臺賬，摸清行業(yè)排放底數(shù)。各地環(huán)境保護主管部門應(yīng)督促指導相關(guān)工礦企業(yè)、污水集中處理設(shè)施優(yōu)化升級生產(chǎn)治理設(shè)施并強化運行管理，提高脫氮除磷能力和效率。重點開展磷化工和磷礦采選企業(yè)生產(chǎn)工藝及污水處理設(shè)施建設(shè)改造，推進磷石膏無害化處理和資源化利用。氮磷排放重點行業(yè)的重點排污單位應(yīng)于2018年6月底前安裝含總氮和（或）總磷指標的自動在線監(jiān)控設(shè)備并與環(huán)境保護主管部門聯(lián)網(wǎng)。
《通知》明確，實施重點流域重點行業(yè)氮磷排放總量控制。生態(tài)環(huán)境部將研究確定實施氮磷排放總量控制的流域控制單元及對應(yīng)行政區(qū)域，根據(jù)排污許可證氮磷許可排放量信息確定相關(guān)流域控制單元的行業(yè)總量控制指標，實施行業(yè)總量控制。對于氮磷超標的流域控制單元內(nèi)新、改、擴建項目，實施氮磷排放總量指標減量替代并嚴格落實到許可證上，嚴控氮磷新增排放。
《通知》強調(diào)，市、縣兩級人民政府在制定實施工業(yè)污染源全面達標排放工作方案中應(yīng)強化氮磷排放達標管理，建立整改企業(yè)臺賬，對重大問題實行掛牌督辦，跟蹤整改銷號。生態(tài)環(huán)境部優(yōu)先將工作成效顯著地區(qū)的氮磷減排工程納入水污染防治中央項目儲備庫，對工作任務(wù)不落實、工作目標未完成的地區(qū)采取掛牌督辦、約談、限批等措施，將氮磷污染防治工作問題突出的納入中央環(huán)保督察。